El protagonista de la historia es Guybrush Threepwood, un joven que llega a la isla con la intención de convertirse en pirata, pero para ello deberá pasar por una serie de pruebas, recorriendo toda la isla y, una vez logrado, viajar a la mítica Monkey Island, donde deberá enfrentarse al terrible pirata fantasma LeChuck para rescatar a su nuevo amor Elaine.

En la segunda parte, Guybrush Threepwood deberá hallar el mítico tesoro del Big Whoop, y recuperar de paso el amor de Elaine Marley, volviéndose a enfrentar al pirata, ahora zombi, LeChuck.

Guybrush Threepwood, esposo de la gobernadora de Mêlèe Island se encuentra volviendo de unas largas vacaciones en Isla Scabb a bordo de su nueva embarcación, el “Chimpancé Maloliente”. En medio del océano, y desviándose ligeramente de la ruta hacia Isla Mêlèe, dos galeones se avistan en el horizonte, flameando una raída bandera negra con una calavera y dos tibias en cruz. Preparado para el abordaje, Guybrush da la orden de ataque blandiendo su espada al aire, pero al instante un certero disparo de bala de cañón impacta directamente en el polvorín del Chimpancé Maloliente, destruyendo el barco y lanzando a Guybrush por los aires. Luego de algunos segundos de sentirse ave, Guybrush “aterriza” milagrosamente sobre la tibia arena de una cálida playa bañada por el sol, rodeado de algunos pedazos del Chimpancé Maloliente esparcidos por la playa. En esta isla encontrará la pista para descubrir un secreto mucho más revelador que el Insulto Definitivo, el verdadero secreto que le revelaría a Guybrush la verdad. El porqué, el cómo, el cuándo y el dónde de todas sus anteriores aventuras. Muy pronto sabrá todo lo que no supo hasta ahora, y terminando de una vez los fantasiosos mitos acerca de El Verdadero Secreto de Monkey Island.